1- Conselho Curador
O Conselho Curador é um órgão deliberativo com propósito de zelar pelas finalidades da instituição em conformidade com seu Estatuto e com a legislação vigente.
1.1 Conselho Fiscal
O Conselho Fiscal é um órgão consultivo com propósito de fiscalizar a administração contábil e financeira da Fundação ao ter livre acesso aos serviços administrativos.
2- Diretoria Executiva
É composta pelo Diretor Presidente e o Diretor Administrativo Financeiro; tem como propósito gerir a Fundação em conformidade com seu Estatuto e a legislação vigente.
3- Assessoria Jurídica:
A Assessoria Jurídica presta assessoria à Diretoria Executiva, ao Conselho Curador e ao Setor Jurídico, assegurando a observância e o cumprimento da legislação vigente e outras normas referentes às atividades da Fundação. Também atua, judicial e extrajudicialmente, em defesa dos interesses da FAUF.
4- Gerência:
A Gerência tem como propósito a administração interna da Fundação, visa garantir a estrutura necessária para a realização dos trabalhos organizacionais. É responsável pela implementação e implantação de processos. Atua também como mediador na relação da Diretoria Executiva com os demais funcionários
5- Setor Novos Negócios e Parcerias
É responsável por aproximar fontes de financiamento ao pesquisador. É o setor responsável por buscar parceiros que visem aplicar recursos em pesquisa, ensino e extensão.
6- Setor de Projetos
O Setor de Projetos tem como propósito a gestão administrativa e financeira de projetos financiados por órgãos de fomento, repasses públicos e privados, de forma íntegra e transparente.
7- Setor de Contratações:
O Setor de Contratações é responsável pela aquisição de produtos ou serviços, em conformidade com a legislação vigente.
8- Setor Contábil
Realiza a assessoria contábil a Diretoria Executiva, aos Conselheiros e demais colaboradores da Fundação. Realiza a escrituração de fatos decorrentes das operações que alterem o patrimônio da Fauf, bem como o levantamento Demonstrações Contábeis para cumprimento de obrigações assessórias e análise para tomada de decisão.
9- Setor Financeiro
Possui a responsabilidade de executar os pagamentos da fundação, bem como registrar as operações e zelar pelo recurso financeiro.
10- Setor de Comunicação
O Setor de Comunicação tem como propósito garantir uma comunicação clara e transparente entre o público interno e externo da Fundação.
11- Setor de Tecnologia da Informação
O Setor de Tecnologia da Informação é responsável por implementar soluções no que tange às tecnologias da fundação.
12- Setor de Prestação de Contas
O Setor de Prestação de Contas tem como propósito realizar as prestações de contas financeiras dos projetos geridos pela fundação, bem como solucionar possíveis diligências de projetos.
13- Setor Jurídico
O Setor Jurídico é responsável por garantir a legalidade dos atos da administração.
14- Setor de Almoxarifado
O Setor de Almoxarifado tem como propósito acompanhar e manter o controle de entregas de mercadorias após faturamento até o recebimento do coordenador do projeto.